就労ビザで働く外国人社員が、仕事中事故にあい、緊急手術が必要になった場合、日本人の親族（夫や妻）がおられるのでしたら、日本人社員と同じように対応すればよいかと思います。つまり、親族に連絡をとり、手術同意書にサインをもらいます。
問題は、日本に親族がいない場合です。就職時に身元保証人をたててもらっている場合は、その身元保証人に連絡します。
身元保証人もいない場合に備えて、平時から以下の準備しておくとよいです。
◆日本在住で連絡のつく人に、身元保証人になってもらう。これは入社に際しての身元保証ではなく、あくまで緊急時の対応（手術同意書にサイン）のための身元保証です。
◆万が一に備えて、外国人社員本人から念書を取っておく。本人および本人の両親に書いてもらうとより安心ですね。
文面例「万が一、緊急手術等が必要になり、私の意識がない場合、あるいは私の意思表示が困難な場合、会社および医療機関の判断に従います。その判断について事後に異議申し立てを行いません。」
◆（平時に）顧問弁護士に状況を伝えておき、緊急時の対応についてアドバイスを受ける。
個々の状況により、ベストな判断をするためには、弁護士など専門家のアドバイスを事前に受けていたほうがよいでしょう。